许多教育专家都认为中外合作办学项目把关不严，教育部虽然有着严格的审核制度，但许多国内院校和培训公司为了自身的经济利益都和国外一些三流甚至不正规的大学开展合作办学，严重影响了合作办学的整体教学质量和声誉。

档次不够

一些国外一流大学，对于合作办学异常谨慎，因此哈佛之类名校，很少进入国内开展合作办学，反之一些三流甚至不正规的国外大学却在国内遍地开花，设立了众多的合作办学点。

质疑证书

正规的国外大学通常都规定，学生必须参加90%以上本校教授授课，才能颁发学位证书。而国内许多合作办学，用国内的教材国内的老师（有时最多在国内找几个外教凑一下数），最终还能发出国外学位证书。这样的国外大学颁发出的这样的学位证书，本身价值就是令人质疑的。而国内现今98%以上的合作办学基本都是这个模式。

合作班

MBA成为重灾区，许多合作办学都瞄准了MBA这块大蛋糕，但是2007年开始绝大部分的合作办学点根本无法招到足够的学生，因此课程的质量和准时上课都无法得到保障，有一个也是经过教育部核准的国内某合作办学MBA培训班最后索性把参观工厂作为一堂课来凑数，许多学生也是苦于投诉无门。